La Cour des comptes a publié, le 7 septembre 2026, un rapport sur la politique française menée depuis 2018 en matière de vaccination.
Pour accroître la couverture vaccinale de la population qui reste en-deçà des cibles préconisées par l’Organisation mondiale de la santé, les pouvoirs publics ont misé sur deux leviers : la multiplication des occasions de vaccination (extension des obligations vaccinales du nourrisson de 3 à 11 pathologies) et l’augmentation du nombre de professionnels de santé autorisés à les pratiquer. Si la vaccination contre la grippe saisonnière est désormais largement réalisée (à près de 66%) par les pharmaciens, la mobilisation des médecins, des sages-femmes et des infirmières apparaît encore éloignée des objectifs cibles, tandis que celle des services de santé au travail pourrait être encore renforcée, note la Cour des comptes. En 2023, moins de 120000 vaccinations ont ainsi été réalisés par la médecine du travail, ce qui représente seulement des 0,6% des effectifs concernés.
Au total, si le nombre de vaccinations contre la grippe s’est accu de 20% entre 2018 et 2024 concernant plus de 19 millions de personnes cette année-là, le taux de couverture vaccinale dépasse à peine les 50%, soit un niveau très inférieur à la cible de 75% fixée par l’OMS. Le fardeau que représente la grippe tant en termes de morbidité (environ 10000 par an) que de coûts associés (hospitalisations, consultations ambulatoires, indemnités journalières versées aux malades en arrêt de travail), « justifie des actions renforcées d’incitation à la vaccination, notamment pour les personnes présentant le plus de risques de développer une forme sévère de la maladie », estime la Cour des comptes qui évalue à près de 8,5 millions, le nombre de personnes supplémentaires à vacciner pour atteindre la cible de l’OMS.
En termes de coût, la politique de vaccination a mobilisé 1,4Md€ en 2024 dont près de la moitié (617M€) est constituée des remboursements de l’assurance maladie, en hausse de près de 70% entre 2018 et 2024. De leur côté, ces vaccins étant remboursés à 65% par le régime général, «les organismes complémentaires sont pour leur part engagés de façon croissante dans le financement de ces campagnes, au travers du cofinancement des vaccins, des actions de vaccination en milieu professionnel et des actes d’administration », relève la Cour des comptes sans pour autant aller jusqu’à chiffrer cet investissement.
En analysant l’impact des nouvelles campagnes de vaccination contre la bronchiolite du nourrisson initiées depuis 2023, la Cour estime en outre que «les bénéfices sanitaires, organisationnels et budgétaires» de ces nouveaux actes de prévention «excèdent largement les seules hospitalisations évitées», et ce sans même tenir compte des autres dépenses de soins de ville ni des arrêts de travail parentaux que ces maladies auraient à défaut engendré.
Pour accroître l’efficience de ces politiques vaccinales, la Cour des comptes recommande déjà de rendre obligatoire l’alimentation du dossier médical partagé par l’ensemble des vaccinateurs d’ici 2028. Elle préconise aussi d’évaluer la pertinence (efficacité, sécurité, efficience) en vie réelle de tout vaccin et d’adapter la stratégie vaccinale 2025-2030 dans chaque région en fixant des objectifs par territoires et par pathologies.