Le décret visant à réduire la durée d’indemnisation des arrêts maladie des assurés victime d’une affection de longue durée (ALD) non exonérante a été publié au Journal officiel du 18 septembre 2026.
En lieu et place de la suppression pure et simple de ce dispositif dérogatoire, le texte limite donc à un an l’indemnisation de tous les arrêts de travail prescrits à ces assurés à compter du 15 octobre 2026. Mais cette limitation s’applique aussi aux salariés déjà en arrêt et franchissant le seuil de 6 mois d’arrêt à la même date. La durée des arrêts prescrits aux salariés en ALD exonérante reste, elle, fixée à 3 ans. le décret instaure aussi un plafond spécifique de 4 ans pour la durée totale de versement des IJ lorsqu'un assuré bénéficie d'une convention de rééducation professionnelle en entreprise (RPE). Cette limite englobe à la fois la période d'arrêt de travail préalable et la période de rééducation professionnelle prise en charge par l'Assurance maladie. En outre, les assurés qui à la date du 15 octobre 2026, bénéficient déjà d'un protocole de soins dans le cadre d'une ALD non exonérante, pourront conserver le bénéfice d’une durée maximale de versement des IJSS de 3 ans.
Un décret identique concerne les fonctionnaires de l’Etat.
Cette réforme avait de nouveau été mise sur la table dans le cadre du plan gouvernemental de réduction des arrêts maladie présenté en avril (lire KPS du 10 avril 2026). Ce régime particulier accordait, au bout de 6 mois d’arrêt, 1095 jours d’indemnisation (soit 3 ans) contre 360 jours (1 an) dans le droit commun et supprimait le délai de carence à partir du deuxième arrêt lié à cette pathologie. Sur les quelques 400000 arrêts concernés, 33% des assurés en ALD non exonérante sont victimes d’un trouble musculosquelettique (TMS) et 32% d’une dépression légère, pour un coût total évalué à près de 3,2Mds€ en 2023.
Or, comme en témoigne l’étude d’impact de la réforme avortée de 2025 prévoyant la suppression pure et simple de ce dispositif dérogatoire (lire KPS du 31 décembre 2025), ces arrêts sont en forte expansion :
En outre, l’examen de la durée de ces arrêts montre qu’en réalité, une partie de ces arrêts est peu justifiée et surtout qu’ils ne sont assortis d’aucune mesure de suivi médical.
Dans un communiqué, publié le 18 septembre 2026, la ministre de la Santé, Stéphanie Rist, a annoncé la mise en œuvre de nouveaux dispositifs pour renforcer le suivi médical de ces assurés et améliorer leur réinsertion professionnelle. Les victimes de dépressions légères pourraient bénéficier de la généralisation «accélérée» en 2027 d’un parcours coordonné renforcé (PCR) d’appui au premier recours en santé mentale basé sur l’expérimentation article 51 Soins d’équipe en santé mentale. De la même façon, pour les personnes souffrant de TMS, le ministère de la Santé annonce le lancement l’an prochain d’un parcours expérimental innovant de prise en charge coordonnée de douleurs chroniques associant médecins généralistes et spécialistes, infirmières et kinésithérapeutes ainsi que des spécialistes de la santé au travail.
Au total, avec ce décret, le gouvernement espère réaliser «plusieurs centaines de millions d’euros d’économies».
Le décret autorise par ailleurs, l’Assurance maladie à sanctionner un assuré qui chercherait à « obtenir de manière injustifiée des prescriptions d'arrêts de travail sans lien avec son état de santé ». En 2024, quelque 13 000 assurés se sont vu prescrire des arrêts de travail par cinq généralistes différents dans l'année, pour une durée moyenne de 12 jours par prescription. Il a d’ailleurs été demandé à la CNAM d’avoir une attention renforcée sur ces arrêts courts et répétitifs dans son programme de contrôle, dans la mesure où ils entraînent une « désorganisation de l’entreprise» et «entretiennent une impression de trop grande facilité dans l’accès aux arrêts de travail», estime le ministère de la Santé.
La publication de ce décret intervient alors que le Premier ministre, Sébastien Lecornu, dans une interview publiée au Figaro du 18 septembre 2026, indique vouloir économiser «environ 2Mds€» supplémentaires l’an prochain sur l’indemnisation des arrêts maladie. Outre le plafonnement des indemnités journalières (IJ) versées en cas d’AT-MP et leur fiscalisation à 100% déjà sur la table (lire KPS du 28 août 2026), Le Premier Ministre a ainsi indiqué que des propositions d’économies seront soumises aux partenaires sociaux «dans les prochaines semaines» afin de permettre au gouvernement «d’en tirer les conséquences dès le début de l’année prochaine».